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　　轉(zhuǎn)基因作物對環(huán)境、生態(tài)、人類等的影響是極其復(fù)雜的，由于無法預(yù)測將基因轉(zhuǎn)入一個新的遺傳背景中會產(chǎn)生什么樣的作用，轉(zhuǎn)基因作物及其產(chǎn)品的安全性問題一直處于爭論狀態(tài)。 
　　凡是允許在中國銷售的轉(zhuǎn)基因食品，都要通過國家農(nóng)業(yè)部轉(zhuǎn)基因辦公室、專家委員會和相關(guān)檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)的嚴(yán)格評審、檢測，已經(jīng)通過安全性評價(jià)的轉(zhuǎn)基因食品，由國家農(nóng)業(yè)部頒發(fā)安全合格證書后，方能投入進(jìn)行食品加工。 
　　我們吃的任何東西都是由成千上萬基因組成，傳統(tǒng)品種改良通過雜交，實(shí)際也是基因的交換。雜交是在染色體水平上的基因交換，而基因技術(shù)是定向改造生物，跟雜交育種沒有本質(zhì)區(qū)別，但是效率更高了。 
　　但轉(zhuǎn)基因作物確有可能造成原有的生態(tài)平衡破壞，改變物種間的競爭關(guān)系和生物多樣性等，這已經(jīng)在其它國家如澳大利亞等發(fā)生了。轉(zhuǎn)基因作物作為外來品種進(jìn)入自然生態(tài)系統(tǒng)，往往具有較強(qiáng)的“選擇優(yōu)勢”，可能會影響植物基因庫的遺傳結(jié)構(gòu)，淘汰原來?xiàng)⒌厣系奈锓N及其它遺傳資源，致使物種呈單一化趨勢，造成生物數(shù)量劇減，甚至?xí)乖形锓N滅絕，導(dǎo)致生物多樣性的喪失。 
　　而轉(zhuǎn)基因食品可能導(dǎo)致的過敏反應(yīng)、人和動物對抗生素的抗藥性、毒性等問題，目前都只是少數(shù)短期動物實(shí)驗(yàn)結(jié)論，并且某些實(shí)驗(yàn)的嚴(yán)密性也遭到質(zhì)疑。目前還沒有發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)基因食品不利于人體健康的實(shí)質(zhì)性證據(jù)，也沒有出現(xiàn)因此引發(fā)的食品安全糾紛。 
　　目前，轉(zhuǎn)基因作物的生態(tài)安全及其相關(guān)食品的消費(fèi)安全問題，在科學(xué)上暫時(shí)難以給出定論。為了防止轉(zhuǎn)基因作物對環(huán)境和人體造成的不良影響，許多國家先后建立了符合本國實(shí)際的生物安全管理政策和評價(jià)體系。新技術(shù)是發(fā)展趨勢，但人對新技術(shù)的應(yīng)用方式造成的社會及經(jīng)濟(jì)問題比技術(shù)本身對人類的影響更大。轉(zhuǎn)基因作物同樣如此，目前，轉(zhuǎn)基因作物帶來的經(jīng)濟(jì)問題、甚至國民經(jīng)濟(jì)命脈掌控權(quán)問題等比其本身對人體的影響更為嚴(yán)峻。